История больницы им. Н.И. Пирогова начинается с марта 1954 года, когда была организована небольшая поликлиника и 12 стационарных коек для обслуживания работников машиностроительного завода. С этого времени и по июль 1998 года больница развивалась параллельно с ростом завода и имела статус медсанчасти Производственного объединения «Стрела», была длительное время школой передового опыта, помимо заводчан обслуживала 50 тысяч прикрепленного населения. В июле 1998 года МСЧ ПО «Стрела» была передана в муниципалитет и приобрела статус городской клинической больницы.

Интересна история названия больницы. С момента основания в 1954 г. и до 1958 года медсанчасть Производственного объединения «Стрела», тогда еще известного под именем завода № 47 (п/я 936), размещаясь в приспособленном здании на ул. Томилинская не имела собственного названия. В тоже время, наряду с планами переноса учреждения в новые корпуса, расположенные на пр. Победы, у сотрудников завода, уроженцев Ленинграда, родилась идея присвоить ей имя выдающегося отечественного хирурга Николая Ивановича Пирогова, много времени проработавшего в их родном городе, возглавляя кафедру хирургии в Медико-хирургической Академии и одновременно руководя организованной им Клиникой госпитальной хирургии. И уже в следующем 1959 году медсанчасть, переместившись в новые здания, одновременно приобрела всем знакомое название. Официально же название закрепилось за больницей много позже, когда муниципальное медицинское учреждение здравоохранения «Медсанчасть ПО «СТРЕЛА» г. Оренбурга была переименована в Муниципальную городскую больницу им. Н.И. Пирогова г. Оренбурга на основании распоряжения администрации г. Оренбурга № 544-Р от 23.03.1997 года.

Среди тех, кто стоял у истоков развития нашей больницы, были участники ВОВ и труженики тыла.

С 1958 г. по 1994 г. главным врачом больницы был Василий Никифорович Сизов — «Заслуженный врач РФ», кавалер «Ордена Знака Почета». Ему больница обязана своим становлением и традициями в работе.

С момента открытия больницы и почти 40 лет заведовала поликлиникой Рабинович Лия Ефимовна. Она награждена «Орденом Знака Почета». Во время войны работала в тыловом госпитале, награждена медалью «Ветеран труда».

Ярким образом в истории больницы была секретарь партийной организации МСЧ Чертова Зинаида Никитична. Она много лет совмещала должность главного врача машзаводского профилактория «Чайка» и заведующей женской консультацией. Зинаида Никитична фронтовик, «Заслуженный врач РФ», среди её наград есть медаль «За боевые заслуги».

45 лет проработала заведующей хирургическим отделением Боголюбова Нина Александровна. За трудовые успехи награждена «Орденом Ленина». Нина Александровна — участница Великой отечественной войны, прошла её от начала до конца. Среди множества наград «Орден Красной Звезды», медаль «За взятие Берлина». Многие начинающие тогда мужчины-хирурги нашей больницы стали благодарными её учениками и последователями.

Как квалифицированного врача, активного и энергичного человека, всегда вспоминают женщину-хирурга нашей больницы, участницу войны Сковородникову Зинаиду Сергеевну. На фронте она служила врачом госпиталя, награждена «Орденом Красной Звезды».

Многие годы с основания больницы трудились старшими медицинскими сестрами фронтовичка Литвиненко Мария Михайловна, труженики тыла Поликанова Нина Филлиповна и Татарникова Мария Михайловна, начмед Рубцова Нина Ивановна. Специалисты высокой квалификации, эти трудолюбивые женщины всегда отличалась исключительной дисциплинированностью, умением подбирать и воспитывать медицинские кадры.

В 1994 году главным врачом больницы стал врач организатор высшей категории, «Заслуженный работник здравоохранения г. Оренбурга» Николай Степанович Вахтеров, продолживший славные традиции совершенствования новых медицинских технологий, увеличения объема и качества оказываемых медицинских услуг укрепления, материально-технической базы.

Большой личный вклад в становление и развитие больницы внесла и продолжает вносить врач высшей квалификационной категории Олекс Тамара Константиновна. Она работает в больнице с 1962 года, прошла много профессиональных ступеней, 17 лет являлась заместителем главного врача по лечебной работе и сейчас продолжает трудиться врачом терапевтического отделения. Тамара Константиновна — «Заслуженный врач РФ», награждена орденом «Дружбы народов», медалью «Ветеран труда», медалью «За заслуги перед Оренбургом» I степени.

За эти годы в больнице работали и продолжают работать медицинские династии Боголюбовых, Болотиных, Олекс, Кодяковых, Сизовых, Сгибневых, Бурасовых-Тёщиных.

На протяжении всех лет больница им. Н.И. Пирогова проходит совершенствование и реструктуризацию.

В 2005 году произошло присоединение к учреждению двух крупных поликлиник: бывшей «Автотранс» (ныне взрослая поликлиника № 2 и бывшей «Комбинат Шелковых Тканей» (ныне взрослая поликлиника № 3).

В 2010 году началась масштабная модернизация здравоохранения, что отразилось в капитальных ремонтах хирургического и терапевтического корпусов, введению в строй нового 9-этажного корпуса с переходом для лечения инсультов и инфарктов, значимом оснащении учреждения медицинской техникой (компьютерный томограф, рентгенкомплекс, аппараты УЗИ, ИВЛ, следящие мониторы и т. п.).

С августа 2011г. больницу возглавляет Андрей Владимирович Карпец, кандидат медицинских наук, доцент, организатор здравоохранения, менеджер государственного и муниципального здравоохранения, автор 68 научных работ.

В 2012 году учреждение перешло из муниципальной собственности в государственную с автономным статусом.

11 сентября 2013г. состоялось открытие нового девятиэтажного терапевтического корпуса больницы им. Н.И. Пирогова, которое в соответствии с задачами модернизации здравоохранения оказывает экстренную специализированную медицинскую помощь пациентам с острыми сосудистыми заболеваниями. Сосудистый центр включает в себя два подразделения: неврологическое отделение для больных с острым нарушением мозгового кровообращения и кардиологическое отделение.

В ознаменование заслуг ветеранов на мирном поприще 15 октября 2015 г. на территории нашей больницы установлен мемориальный камень сотрудникам больницы – участникам Великой Отечественной Войны, основывавшим и работавшим в больнице имени Н.И. Пирогова.

16 июня 2017 года на территории больницы имени Пирогова в парковой зоне больницы, среди елей, перед хирургическим комплексом состоялось открытие скульптуры «Милосердие». Этот памятник выполнил для областного центра известный архитектор и скульптор Зураб Церетели.

На сегодняшний день ГАУЗ «Городская клиническая больница им. Н.И. Пирогова» представляет собой крупное многопрофильное медицинское лечебное учреждение с оказанием всех видов экстренной и плановой помощи, а также многих видов специализированной медицинской помощи. В составе больницы: круглосуточный стационар, 3 взрослых поликлиники, детская поликлиническая служба, женская консультация, и 8 лечебно-диагностических (параклинических) отделений. В 2019 году планируется открытие центр амбулаторной онкологической помощи.